Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LINC00473-201ENST00000444465 798 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PSMB5-204ENST00000460922 729 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ALKBH7-203ENST00000599849 556 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 NFKB2-201ENST00000189444 3011 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MTFR1L-218ENST00000526894 733 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AP002748.3-201ENST00000527092 828 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 PDLIM1-201ENST00000329399 1452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CD8A-202ENST00000352580 1977 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TCOF1Q13428 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 STEAP3-204ENST00000409811 2103 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 ATP5S-201ENST00000245448 1671 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 MACROD2-AS1-201ENST00000439451 1230 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 GABARAPL1-205ENST00000539170 1700 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 TEX12-201ENST00000280358 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
TCOF1Q13428 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
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