Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 GALNT2-201ENST00000366672 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 MOGS-205ENST00000452063 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 GPER1-207ENST00000619052 571 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 DYRK1B-205ENST00000597639 1806 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 MRPL34-202ENST00000594999 555 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
TRIM28Q13263 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC20.77■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 SLFNL1-205ENST00000439569 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC004890.2-204ENST00000481968 304 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 P2RY6-208ENST00000540124 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LRCH1-201ENST00000311191 4710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 ZNF213-202ENST00000416391 2996 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 DDT-201ENST00000350608 671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 NDUFAB1-205ENST00000570319 885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
TRIM28Q13263 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
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