Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 BCL2L12-206ENST00000598306 510 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 KRT8P39-201ENST00000396270 1433 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 BEND5-201ENST00000371833 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 CDH22-203ENST00000537909 3902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MYC-202ENST00000377970 2351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 NDUFA3-204ENST00000391764 267 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MEG3-205ENST00000412736 1615 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TMEM53-203ENST00000372242 1846 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 DHRS4L2-205ENST00000543805 1334 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXC9P31274 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 OCIAD1-202ENST00000381473 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MRPL53-201ENST00000258105 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 GPR162-202ENST00000382315 1150 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNRF2-201ENST00000323037 3460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MFSD2A-202ENST00000372811 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CHRD-202ENST00000348986 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RPL37AP1-201ENST00000412502 279 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 DRAM1-202ENST00000544152 1048 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL133215.2-201ENST00000609242 977 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MTSS1L-201ENST00000338779 4992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXC9P31274 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms