Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC092384.3-201ENST00000561980 531 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC004790.2-201ENST00000623588 572 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ATXN2-201ENST00000377617 4702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC002310.6-201ENST00000624451 1377 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TMEM214-201ENST00000238788 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LYPLAL1-202ENST00000366928 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CRYGEP-201ENST00000412192 528 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NUTF2-206ENST00000569436 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC244517.5-205ENST00000623615 575 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL356481.3-201ENST00000630523 575 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 C18orf8-201ENST00000269221 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SFTPB-202ENST00000409383 1867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 GIGYF1-201ENST00000275732 6530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 HSD17B8-203ENST00000374662 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SLC25A6P2-201ENST00000497974 877 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 AC005829.1-201ENST00000570002 483 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MIR4751-201ENST00000578027 74 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
MSX1P28360 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX1P28360 DIABLO-206ENST00000443649 2250 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX1P28360 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX1P28360 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SLC2A13-201ENST00000280871 7003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
MSX1P28360 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.45■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms