Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NARFL-218ENST00000568545 2486 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CNN2P11-201ENST00000429351 262 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FBXL5-202ENST00000412094 2837 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ELF2-207ENST00000510408 1965 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ZCWPW1-202ENST00000398027 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PHGDH-208ENST00000641023 2096 ntAPPRIS P1 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MUM1-216ENST00000627377 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ITPRIPL1-205ENST00000536814 1947 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC068594.1-203ENST00000581153 695 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LINC01128-208ENST00000608189 824 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 UBE3D-208ENST00000626828 114 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 EPB41L5-203ENST00000443124 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 BIRC7-201ENST00000217169 1368 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AANAT-201ENST00000250615 1913 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MEPCE-201ENST00000310512 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 LINC00899-202ENST00000444890 493 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC21.09■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms