Protein–RNA interactions for Protein: Q13342

SP140, Nuclear body protein SP140, humanhuman

Predictions only

Length 867 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SP140Q13342 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 MCFD2-205ENST00000409218 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 LINC01666-201ENST00000623794 845 ntTSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.48■□□□□ 0.23
SP140Q13342 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PTH2-201ENST00000270631 459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TMEM135-209ENST00000532959 1149 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ZFPM1-203ENST00000562437 502 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SUZ12-201ENST00000322652 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PC-204ENST00000524491 1714 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 DRC3-201ENST00000313838 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SETD3-202ENST00000331768 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC006538.1-201ENST00000567905 1585 ntBASIC16.47■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 MRPL3P1-201ENST00000400109 1033 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 PDE6D-202ENST00000409772 672 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
SP140Q13342 CRB3-204ENST00000600229 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms