Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 C8orf34-206ENST00000518698 2223 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CEBPG-201ENST00000284000 4109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ALKBH6-201ENST00000252984 955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AP006288.1-201ENST00000446065 395 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 HELT-204ENST00000515777 841 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 OPN5-206ENST00000638973 1090 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ADK-202ENST00000372734 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 C14orf180-202ENST00000410013 2009 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SRF-201ENST00000265354 4202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 INPP4A-205ENST00000409851 3365 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MTHFD1L-211ENST00000611279 3475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC069503.2-201ENST00000546333 576 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ADRA1A-202ENST00000354550 1765 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PHF1-201ENST00000374512 2224 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CDK16-223ENST00000622098 2968 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ARID1B-202ENST00000346085 10194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TEX264-204ENST00000415259 2290 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FAM66C-209ENST00000544214 2623 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 NCAPH2-203ENST00000395701 2077 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CACNA1A-238ENST00000637276 7135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PCBP4-203ENST00000428823 1835 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CDC25A-202ENST00000351231 3663 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CHMP3Q9Y3E7 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.4 ms