Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AP1AR-201ENST00000274000 2902 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 MAGEA2B-201ENST00000331220 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 FLJ31104-201ENST00000500093 2289 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TPT1-AS1-215ENST00000522673 1519 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NUS1P2-201ENST00000417358 873 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 RABL2B-209ENST00000435118 1126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 DUS3L-202ENST00000320699 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PEA15-202ENST00000368076 2694 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 GPS1-202ENST00000320548 1949 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ANKRD35-202ENST00000544626 3093 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 IRAK1-204ENST00000393687 2049 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 GGT3P-204ENST00000453783 1664 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 EWSR1-201ENST00000331029 2267 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 KHDC1-201ENST00000257765 1134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 BX005266.1-201ENST00000473402 457 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SELENOH-204ENST00000534355 818 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AC016876.1-204ENST00000573187 679 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 KCNT1-202ENST00000371757 4717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SUSD4-202ENST00000343846 3480 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 KBTBD11-201ENST00000320248 6710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3D-201ENST00000616101 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 TBC1D3K-201ENST00000620247 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 CDKN1C-201ENST00000380725 1220 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 COPS8-203ENST00000409334 794 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
LIMA1Q9UHB6 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms