Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CACNA1B-205ENST00000371363 9758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 H2AFZ-201ENST00000296417 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 APCDD1L-AS1-201ENST00000420279 555 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AP000344.2-201ENST00000512987 629 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC7-205ENST00000600577 616 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC247036.6-201ENST00000632950 410 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 NR4A1-203ENST00000394824 2639 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AC005281.1-201ENST00000433040 911 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 MTX1-207ENST00000609421 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 ATPAF1-214ENST00000576409 4158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
CHMP4AQ9BY43 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 PRELID3A-208ENST00000590956 777 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NRG2-205ENST00000361474 3020 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SLC30A2-202ENST00000374278 3097 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 NKIRAS1-204ENST00000416026 795 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 PUS1-205ENST00000535067 838 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 GPR42-202ENST00000597214 1182 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 SLC8A3-202ENST00000356921 5250 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 ADORA2A-213ENST00000610595 2736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
CHMP4AQ9BY43 LINC00957-202ENST00000441052 2590 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms