Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.05■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 RGP1-201ENST00000378078 7018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.04■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 RPS2P28-201ENST00000314255 741 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC009078.2-202ENST00000463353 338 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TUBB3-205ENST00000554336 903 ntTSL 3 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 KCNQ2-215ENST00000629241 2853 ntTSL 5 BASIC15.03■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.02■□□□□ -0
SKA3Q8IX90 CALB2-202ENST00000349553 1373 ntTSL 5 BASIC15.02■□□□□ -0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms