Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AP005717.1-201ENST00000500705 1899 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AP3S2-216ENST00000617003 1561 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ESR2-206ENST00000553796 1634 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ZNF667-AS1-204ENST00000588158 921 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC025048.6-201ENST00000634326 1161 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AL512652.2-201ENST00000625156 1716 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TMEM25-202ENST00000354064 1965 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CXXC4-201ENST00000394767 5565 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 MCM9-201ENST00000316068 2442 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DHX33-202ENST00000433302 2225 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LCE3E-201ENST00000368789 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SATB1-217ENST00000493952 626 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AL358472.5-202ENST00000641448 1267 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 FTSJ1-202ENST00000348411 1892 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 GPR148-201ENST00000309926 1267 ntAPPRIS P1 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AP001107.2-202ENST00000528650 480 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 BX276092.9-201ENST00000636797 1563 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DPF2-205ENST00000528416 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 PRR29-AS1-202ENST00000580942 2926 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TCOF1Q13428 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
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