Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
TRIM56Q9BRZ2 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM56Q9BRZ2 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM56Q9BRZ2 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.1 ms