Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP28Q96RU2 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
USP28Q96RU2 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USP28Q96RU2 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
USP28Q96RU2 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC27.55■■■□□ 2
USP28Q96RU2 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP28Q96RU2 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP28Q96RU2 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
USP28Q96RU2 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
USP28Q96RU2 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
USP28Q96RU2 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
USP28Q96RU2 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP28Q96RU2 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP28Q96RU2 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
USP28Q96RU2 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
USP28Q96RU2 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
USP28Q96RU2 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
USP28Q96RU2 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms