Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC20.36■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
HOXA4Q00056 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
HOXA4Q00056 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
HOXA4Q00056 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms