Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC29.2■■■□□ 2.27
SCN4AP35499 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC29.18■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
SCN4AP35499 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC29.14■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC29.12■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
SCN4AP35499 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
SCN4AP35499 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms