Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A1P12109 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A1P12109 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC26.89■■□□□ 1.9
COL6A1P12109 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
COL6A1P12109 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms