Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CLDN9O95484 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
CLDN9O95484 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
CLDN9O95484 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms