Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL162586.1-201ENST00000439298 2055 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AMMECR1-201ENST00000262844 5504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA7-202ENST00000525929 5221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CSF3-203ENST00000394148 622 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC099805.1-202ENST00000519927 1057 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SCN5A-214ENST00000612060 714 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 FAM238C-204ENST00000640224 1268 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TRIM33-201ENST00000358465 8339 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF28-214ENST00000545377 6351 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RAB8A-201ENST00000300935 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LITAF-202ENST00000381810 1527 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 EFCAB14-201ENST00000371933 5767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC109309.1-201ENST00000418995 435 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AC093909.1-201ENST00000504731 1122 ntBASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RIN3-211ENST00000557762 517 ntTSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LINC00596-201ENST00000559615 937 ntTSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RPS15A-205ENST00000565420 802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 MUTYH-201ENST00000354383 1744 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.05■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CHTOP-203ENST00000368690 2165 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NFIX-209ENST00000587760 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 NCOA5-201ENST00000290231 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 RDH13-202ENST00000396247 1987 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
ATG4BQ9Y4P1 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms