Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CPEB2-204ENST00000382401 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 LRCH3-201ENST00000334859 2258 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AP001273.2-201ENST00000638767 2993 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CRTAC1-201ENST00000309155 1946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CYHR1-204ENST00000438911 2020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL135791.1-201ENST00000429214 826 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 YBX1P5-201ENST00000509441 847 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 R3HDML-201ENST00000217043 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RGS3-211ENST00000462403 2155 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL162231.1-204ENST00000423809 477 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PARD6G-203ENST00000470488 596 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RNASET2-206ENST00000476238 887 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 KLK5-203ENST00000593428 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CDIPT-209ENST00000569956 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CFAP77-201ENST00000343036 1818 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 UBE2Q2-201ENST00000267938 3130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FAM184A-201ENST00000338891 4141 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TRIM50-201ENST00000333149 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 FALEC-201ENST00000416894 566 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AC002985.2-201ENST00000601106 957 ntTSL 4 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CHMP3Q9Y3E7 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC21.16■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms