Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 AC010947.1-201ENST00000623454 693 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 DNAJB6-218ENST00000634080 1005 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 L3HYPDH-201ENST00000247194 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NEK2-205ENST00000540251 1318 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MRI1-202ENST00000319545 3027 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC020661.1-201ENST00000503052 1584 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 WIPI1-202ENST00000546360 1575 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAZ-212ENST00000568282 1593 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MAPK13-203ENST00000373766 6196 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NTRK2-202ENST00000304053 8226 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CLMAT3-201ENST00000510576 1973 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NDUFA10-214ENST00000620965 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AP4B1-204ENST00000369569 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SPTLC2-201ENST00000216484 8170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TSTD1-202ENST00000368023 574 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CYB561D2-204ENST00000424512 1212 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ECEL1P2-202ENST00000465689 757 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC01184-202ENST00000501173 949 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CMTM3-210ENST00000565666 769 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MIR3917-201ENST00000580971 93 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FAM87A-204ENST00000613235 858 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CRK-201ENST00000300574 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FYTTD1-201ENST00000241502 6866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C9orf139-202ENST00000623196 4990 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 EDEM1-204ENST00000445686 1363 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TRIM39-205ENST00000396551 3249 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 WNT5B-203ENST00000537031 1437 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 UNKL-201ENST00000248104 4320 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SBF1P1-201ENST00000444527 5631 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AL139423.1-201ENST00000606802 7923 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CHRM4-201ENST00000433765 1511 ntAPPRIS P1 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 STARD10-218ENST00000543304 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GUCA1A-202ENST00000372958 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 YPEL3-202ENST00000398841 1588 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GHDC-201ENST00000301671 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KIF18B-204ENST00000593135 2745 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CHCHD6-201ENST00000290913 1006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC007563.2-201ENST00000447289 552 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 MYL6-209ENST00000548293 753 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 AC022154.1-201ENST00000600303 766 ntTSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 C16orf74-206ENST00000602766 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 OBP2B-205ENST00000618116 961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CLN6-221ENST00000637494 765 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 CTXND1-201ENST00000560778 6890 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC13.55□□□□□ -0.24
RPUSD4Q96CM3 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.55□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.6 ms