Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 NOMO2-211ENST00000621364 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CERCAM-201ENST00000372838 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.59□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CBWD5-204ENST00000377392 2863 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.58□□□□□ -0.07
CHD3Q12873 ARMC12-201ENST00000288065 1169 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BAX-206ENST00000415969 540 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RHOQP3-201ENST00000437982 621 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC131097.3-202ENST00000439270 331 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GDF6-201ENST00000287020 3701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
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CHD3Q12873 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PPIC-201ENST00000306442 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
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CHD3Q12873 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 ADAM22-204ENST00000398204 9334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.58□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FMR1-205ENST00000370475 4308 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC087289.2-201ENST00000587267 1419 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RABGGTA-201ENST00000216840 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC011676.5-201ENST00000624864 2660 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PCDHGA12-202ENST00000613314 2634 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC14.57□□□□□ -0.08
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CHD3Q12873 C2orf81-202ENST00000612891 1902 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NUPR2-201ENST00000329309 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
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CHD3Q12873 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 BRICD5-202ENST00000562360 783 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC068418.2-201ENST00000577309 3703 ntBASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TBC1D1-203ENST00000402522 1567 ntTSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FYCO1-205ENST00000535325 8578 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.57□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GUK1-210ENST00000391865 990 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC068137.2-201ENST00000605408 478 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 AC010507.1-201ENST00000633895 436 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RHBDF1P1-201ENST00000427504 1941 ntBASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 MBD1-204ENST00000347968 3091 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 PHF12-205ENST00000577226 7679 ntTSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.08
CHD3Q12873 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC14.56□□□□□ -0.08
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