Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SLC44A3-207ENST00000529450 2045 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SMPD3-211ENST00000568373 2073 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 LGALS2-201ENST00000215886 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SZT2-AS1-201ENST00000396885 699 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 BAALC-AS2-201ENST00000436771 496 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC073439.1-201ENST00000624121 1774 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RTEL1-204ENST00000370003 2273 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RNF139-201ENST00000303545 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 LSM12-201ENST00000293406 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 COPS7A-204ENST00000534947 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FAM221A-203ENST00000409653 761 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 FAM221A-204ENST00000409994 1136 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PLTP-204ENST00000420868 1420 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC119751.2-201ENST00000504529 210 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 LGMN-201ENST00000334869 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 GALNT9-202ENST00000397325 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 NR4A2-210ENST00000429376 1571 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RHOC-206ENST00000369637 888 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 OBP2A-206ENST00000539850 914 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RAMP2-202ENST00000587142 549 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RAMP2-203ENST00000588576 573 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NPHP3Q7Z494 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms