Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RBM7-207ENST00000544582 692 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 B4GALT4-216ENST00000483209 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PIP5K1C-201ENST00000335312 5080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC099482.1-201ENST00000563471 481 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 TMEM50B-210ENST00000542230 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 CLDN9-201ENST00000445369 2050 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PIGQ-203ENST00000321878 3006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RIC8A-208ENST00000527696 2565 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 GSAP-205ENST00000430584 600 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZNF131-206ENST00000505606 3209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 NFIX-202ENST00000360105 5459 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 AL035252.4-201ENST00000624174 288 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 PBK-201ENST00000301905 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 NPR3-204ENST00000434067 2715 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 FKBP2-201ENST00000309366 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXC9P31274 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.9 ms