Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 FAM131A-202ENST00000340957 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R3F-202ENST00000376188 2443 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LCN10-203ENST00000474369 564 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 IL32-232ENST00000552356 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 DTD2-202ENST00000356180 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 REPS2-201ENST00000303843 7771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 FAM189B-204ENST00000368368 2609 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 POR-209ENST00000439269 1858 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC9Q9Y3X0 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MKRN3-203ENST00000568252 1312 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ITGB5-201ENST00000296181 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 KRT24-201ENST00000264651 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HCLS1-201ENST00000314583 2000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TMEM235-202ENST00000421688 2490 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MSL1-202ENST00000398532 4707 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SUMF2-205ENST00000413756 1171 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC087499.5-201ENST00000452760 1342 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SAMD14-203ENST00000503131 1938 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 AC104581.1-203ENST00000640240 353 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 SYT15-202ENST00000374323 6428 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 COX20-203ENST00000411948 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TM9SF1-206ENST00000528669 2425 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 BPTF-201ENST00000306378 9688 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM72C-202ENST00000584486 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 INPP5J-203ENST00000401755 1751 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PRSS12-201ENST00000296498 4809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC3-210ENST00000617904 1305 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 CD28-203ENST00000458610 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 WASH4P-201ENST00000564273 1246 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC9Q9Y3X0 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49 ms