Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 KRT85-202ENST00000544265 1387 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SNX19-207ENST00000528555 1506 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ZRSR2-201ENST00000307771 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 KCNS2-201ENST00000287042 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 LCE1F-201ENST00000334371 357 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 WDR6-202ENST00000415265 1883 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 FIP1L1-207ENST00000507922 1335 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 CR392000.2-201ENST00000640235 1994 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 GPAT3-208ENST00000611707 2633 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC018695.7-201ENST00000624587 2492 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 GML-201ENST00000220940 723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC079776.4-201ENST00000511039 504 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 COPS3-212ENST00000539941 1699 ntTSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PCIF1-201ENST00000372409 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
COL9A3Q14050 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.96■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms