Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AL133373.2-201ENST00000623187 2828 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CFAP100-201ENST00000352312 2086 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RNF146-213ENST00000610153 2070 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NTRK2-207ENST00000376214 5608 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ZNF416-201ENST00000196489 2561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM135A-205ENST00000418814 6415 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ID3-201ENST00000374561 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ITGB1BP1-205ENST00000456913 1043 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ITGB1BP1-216ENST00000488451 874 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SYBU-224ENST00000529690 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ACIN1-205ENST00000457657 4815 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC068880.1-201ENST00000507289 2297 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NPAS3-202ENST00000356141 2802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 C9orf116-202ENST00000371789 1278 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 NPY-203ENST00000407573 705 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC013270.1-201ENST00000425578 440 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SWI5-205ENST00000495313 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SEC24B-AS1-201ENST00000499359 957 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SEC24B-AS1-204ENST00000510971 554 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 UBE2V2-201ENST00000517630 612 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 BRF1-219ENST00000551787 824 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC010776.2-201ENST00000588946 1081 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CCDC3-201ENST00000378825 2731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 GTPBP2-202ENST00000307126 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC3Q9BQI4 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms