Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GTPBP3-201ENST00000324894 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ESR2-205ENST00000358599 1899 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NUP50-203ENST00000407019 2059 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TMEM229B-201ENST00000357461 4068 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PRICKLE4-204ENST00000458694 1646 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SHISA6-203ENST00000432116 7518 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TOB2P1-201ENST00000469761 992 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 C12orf76-204ENST00000547573 607 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SAP130-202ENST00000259235 4065 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NSUN5P1-202ENST00000421140 1535 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NSUN5P2-203ENST00000457352 1529 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HDAC5-201ENST00000225983 5326 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KMT5B-205ENST00000402789 1599 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KL-201ENST00000380099 5006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TNKS1BP1-201ENST00000358252 5795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CNPY2-201ENST00000273308 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GOLGA2-213ENST00000610329 2212 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PRELID3A-203ENST00000587735 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ZNF133-204ENST00000396026 2717 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ARHGAP39-202ENST00000377307 4673 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 MRPL20-201ENST00000344843 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ISCU-202ENST00000392807 1069 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC17.13■□□□□ 0.33
VPS39Q96JC1 ISCU-203ENST00000431221 799 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms