Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 DPY19L3-206ENST00000587077 2456 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 STAT3-201ENST00000264657 5047 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC17.21■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ACD-215ENST00000620761 1483 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ARHGEF28-211ENST00000512883 2936 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PNOC-201ENST00000301908 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 RPL8-202ENST00000394920 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CRELD2-202ENST00000403427 1242 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 IGHV3-47-201ENST00000425060 335 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 DMKN-215ENST00000451297 1111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 RPP14-206ENST00000466547 805 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CCNG1-208ENST00000510664 994 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AP003555.3-201ENST00000534086 432 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AL031008.1-201ENST00000619963 541 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ZIC4-212ENST00000484399 1774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ASB10-201ENST00000275838 1820 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 EIF4ENIF1-206ENST00000397525 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CD320-201ENST00000301458 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 SPIN2B-202ENST00000333933 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MRPL43-208ENST00000370242 884 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 KCNAB2-205ENST00000378092 1202 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CD99-205ENST00000381192 1245 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 DYNLL1-203ENST00000392509 814 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 EXOSC3-202ENST00000396521 768 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AC007952.1-201ENST00000399087 553 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AC007952.2-202ENST00000399093 556 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PLPP5-214ENST00000531823 875 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MRPL52-210ENST00000555345 895 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 RPL19-204ENST00000579260 1051 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 AC106017.2-202ENST00000628484 536 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 ZNF667-AS1-201ENST00000585445 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MYB-242ENST00000618728 3545 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 TNIP1-202ENST00000389378 2935 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 KPNA2-202ENST00000537025 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 IFNLR1-205ENST00000374421 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 BCAT2-202ENST00000402551 2041 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
PTPN4P29074 CDK2AP2-201ENST00000301488 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.4 ms