Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 IL12RB1-201ENST00000322153 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CYB561D1-208ENST00000528785 1271 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 BSG-214ENST00000614867 960 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 WDR4-201ENST00000330317 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PLEKHF2-201ENST00000315367 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 KMT5C-212ENST00000630497 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CLDN5-202ENST00000406028 2548 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL121761.2-201ENST00000598007 1648 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 FCN2-201ENST00000291744 1057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 THAP3-202ENST00000307896 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 DDT-204ENST00000404092 805 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC040169.1-201ENST00000565382 521 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 DCTPP1-203ENST00000567983 801 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TNFRSF13B-206ENST00000583789 859 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PHF20L1-209ENST00000395386 6237 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ZBTB22-207ENST00000418724 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 ZSCAN10-207ENST00000575108 2247 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 NDRG2-204ENST00000360463 2047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 BCRP2-201ENST00000398241 1842 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 NR5A1-202ENST00000373588 3104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LHX3Q9UBR4 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TLE3-214ENST00000558939 6004 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 EIF6-202ENST00000374443 1017 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC091167.2-201ENST00000579581 588 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 CROCCP3-203ENST00000589964 255 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LHX3Q9UBR4 ARNTL-205ENST00000403510 2745 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms