Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 TCERG1L-201ENST00000368642 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LRRC27-203ENST00000368613 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL354751.1-201ENST00000412768 1863 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 C14orf93-205ENST00000397379 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 UPF1-201ENST00000262803 5348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 MACROD2-201ENST00000217246 4994 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RAB17-204ENST00000409822 1077 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ICA1-206ENST00000402384 2458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LYSMD4-201ENST00000332728 2847 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 GABRB2-202ENST00000353437 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 WNT7B-203ENST00000410058 714 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CPLX2-206ENST00000512824 518 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RTN4-201ENST00000317610 2333 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RDH12-201ENST00000267502 1833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 KLHDC8B-201ENST00000332780 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-207ENST00000524624 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC018529.1-201ENST00000613063 361 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 GTF2IRD2-205ENST00000614386 578 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 FBXL20-202ENST00000394294 2309 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ZNF140-210ENST00000544426 2340 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 KCNJ5-201ENST00000338350 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
CCDC87Q9NVE4 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms