Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

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Length 660 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 RASSF7-205ENST00000454668 1450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 RELT-201ENST00000064780 3535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SLC25A45-202ENST00000398802 2286 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ABHD14B-203ENST00000395008 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 RGL3-201ENST00000380456 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 RAB1A-203ENST00000409784 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GUCA1B-201ENST00000230361 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FUOM-201ENST00000278025 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FGF8-202ENST00000344255 707 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GAD2-202ENST00000376248 680 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TMPRSS13-203ENST00000524993 1950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PTX4-201ENST00000293922 1422 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 C16orf91-201ENST00000442039 978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 ILVBL-201ENST00000263383 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
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ZNF540Q8NDQ6 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ROBO3-201ENST00000397801 4569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ROBO3-220ENST00000538940 4551 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 IER3-202ENST00000376377 1350 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 MRAS-204ENST00000464896 1534 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ACTG1-201ENST00000331925 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 Telomerase-vert.1-201ENST00000363312 438 ntBASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CD1E-211ENST00000368166 1271 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 OARD1-201ENST00000373154 1129 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 CCNJL-205ENST00000519673 940 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ETFA-216ENST00000560726 942 ntTSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
ZNF540Q8NDQ6 ATP5D-207ENST00000591660 637 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.9■□□□□ 0.14
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