Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TMEM198-201ENST00000344458 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 NRG2-202ENST00000289422 2923 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LINC00398-201ENST00000414407 906 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PRR29-209ENST00000582540 967 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PANX1-202ENST00000436171 2750 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 AC119396.1-201ENST00000576789 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
HOXC9P31274 KDM4F-201ENST00000545950 1917 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 KRT5-201ENST00000252242 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TMEM37-202ENST00000409826 794 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC142381.1-201ENST00000426099 345 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 RNF24-204ENST00000545616 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AL359644.1-202ENST00000637541 571 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CGREF1-206ENST00000405600 1346 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 FHL1-205ENST00000370690 2441 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ARFGAP2-229ENST00000627920 2613 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MRGPRD-201ENST00000309106 966 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 DDX31-201ENST00000310532 2408 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AC133548.2-201ENST00000568567 2605 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 SDHA-213ENST00000510361 2148 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 PPA2-201ENST00000341695 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 ARFGAP1-220ENST00000547204 1327 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXC9P31274 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms