Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 ATRIP-203ENST00000357105 2403 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 BRINP1-202ENST00000373964 1641 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 IGHV3-35-201ENST00000390617 366 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SVIL-AS1-208ENST00000446807 1007 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC005342.2-201ENST00000544163 315 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 C12orf10-204ENST00000548632 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ABTB1-201ENST00000232744 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 RPS19-201ENST00000221975 500 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PDSS2-201ENST00000369031 1236 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 UCHL3-201ENST00000377595 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC131009.1-201ENST00000539078 426 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 MAX-210ENST00000555419 765 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 RPS19-202ENST00000593863 526 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ZNF331-214ENST00000511154 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 CLDN14-204ENST00000399137 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 IL32-202ENST00000325568 1105 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PLA2G5-201ENST00000375108 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 IL32-203ENST00000382213 880 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 LIMS3-203ENST00000480744 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TECR-207ENST00000596073 1170 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TECR-220ENST00000600083 1204 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC092811.2-201ENST00000632561 559 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 NGLY1-202ENST00000280700 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SAPCD1-209ENST00000425424 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AGAP4-201ENST00000311652 2715 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SIL1-213ENST00000509534 1714 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 CARNS1-205ENST00000531040 2968 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ORC5-201ENST00000297431 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 NEIL3-201ENST00000264596 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 PCBP4-210ENST00000471622 1784 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 EDC3-202ENST00000426797 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
NPHP4O75161 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms