Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 TBC1D2B-201ENST00000300584 6067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 UQCRC1-201ENST00000203407 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 LCE1D-201ENST00000326233 430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 NPAP1P7-201ENST00000613027 823 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 MYLK2-201ENST00000375985 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 LMNA-208ENST00000448611 1943 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PML-206ENST00000395135 2199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 EEFSEC-202ENST00000483457 1859 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SNRPA1-201ENST00000254193 1055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PPIH-202ENST00000372549 327 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 LINC01315-202ENST00000424852 1142 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC010655.4-201ENST00000462662 707 ntTSL 4 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 TPSP2-201ENST00000561760 610 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC007220.1-201ENST00000572466 1055 ntTSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 DMKN-213ENST00000447113 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 LRRD1-201ENST00000343318 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 NEIL1-221ENST00000569035 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 GRAP2-202ENST00000407075 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 NCAN-201ENST00000252575 6387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CEP76-202ENST00000423709 2197 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ZNF436-AS1-203ENST00000454117 997 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 NT5C2-211ENST00000470299 249 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 KRTCAP3-207ENST00000543753 956 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AP002414.4-201ENST00000589764 1148 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 LETM2-202ENST00000379957 1873 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PLCH2-203ENST00000378486 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 PLCH2-204ENST00000419816 4837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SCLT1-208ENST00000506368 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 RASA4B-202ENST00000465829 2931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 MTG1-205ENST00000477902 1283 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 CCDC61-201ENST00000536603 1282 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ANAPC11-204ENST00000571024 668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
BRPF3Q9ULD4 ANAPC11-218ENST00000582222 523 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.5 ms