Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 POLR3E-202ENST00000359210 2469 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ZBTB45-201ENST00000354590 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NXPH2-201ENST00000272641 1052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 STX8-201ENST00000306357 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TNFSF13-204ENST00000396542 726 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
VPS39Q96JC1 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ADGRA1-202ENST00000392607 4283 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 COL2A1-202ENST00000380518 5071 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TP73-AS1-210ENST00000637775 1455 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NTF4-201ENST00000593537 932 ntAPPRIS P1 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 USP3-AS1-201ENST00000558831 1784 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 FAM129B-201ENST00000373312 3957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TAX1BP3-202ENST00000611779 1302 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SLC25A46-201ENST00000355943 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GPR137-212ENST00000539851 1843 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CSNK1A1L-201ENST00000379800 2406 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 BEX4-201ENST00000372691 1066 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TSSC2-201ENST00000450217 709 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC139749.1-201ENST00000534584 1094 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 AL590326.2-201ENST00000625139 305 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NSUN5P2-201ENST00000388955 1789 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 CENPN-202ENST00000305850 2481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
VPS39Q96JC1 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms