Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 AK4-207ENST00000545314 6887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 ISY1-201ENST00000273541 1704 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 FOLH1-204ENST00000356696 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TACC3-201ENST00000313288 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 LCE1B-201ENST00000360090 1139 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 SLC4A1APP2-201ENST00000424054 1259 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 BAX-213ENST00000539787 458 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 HMGN3-203ENST00000620514 1010 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 NCF1C-201ENST00000438382 1427 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 YTHDF1-202ENST00000370339 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 MOAP1-201ENST00000298894 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CLIP3Q96DZ5 ANKRD6-201ENST00000339746 3073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AL391650.1-205ENST00000433939 579 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AHSA1-208ENST00000555517 832 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AC140113.2-201ENST00000604370 208 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 PDE9A-203ENST00000335440 1728 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 TOM1L2-207ENST00000535933 1748 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ZNF419-207ENST00000442920 1857 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ZDHHC4-205ENST00000396713 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 AL139130.1-201ENST00000451362 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 RND2-202ENST00000587250 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CLIP3Q96DZ5 FAM184A-214ENST00000621231 4048 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms