Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 DBN1-201ENST00000292385 3072 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R9B-202ENST00000612501 4167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 IL1R1-205ENST00000410023 5143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 FDXR-217ENST00000582944 1766 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ZFPL1-207ENST00000526791 384 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 NAA38-206ENST00000576384 424 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AL138828.2-201ENST00000615812 383 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 GNAZ-203ENST00000615612 3333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SRGAP2C-201ENST00000304465 1477 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SRGAP2-201ENST00000419187 1477 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AP2A2-222ENST00000534328 1491 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SRGAP2B-205ENST00000619678 1477 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PSMG4-209ENST00000473000 4603 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ZNF446-207ENST00000610298 1869 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 DACT2-204ENST00000610183 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 L1CAM-205ENST00000370060 5113 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CIDEB-202ENST00000336557 2409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 GTF2H4-202ENST00000376316 1673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MIR658-201ENST00000385210 100 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PRAP1-201ENST00000433452 971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SIGLEC6-203ENST00000359982 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RNF144A-201ENST00000320892 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 HCN2-201ENST00000251287 3408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC00887-203ENST00000429578 1717 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 B4GALT4-202ENST00000393765 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC022201.2-201ENST00000445084 287 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC015688.8-201ENST00000577746 656 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 MIR6805-201ENST00000615055 62 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AL031056.2-201ENST00000637957 1217 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 TMEM59L-205ENST00000600490 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 GRAMD4P3-201ENST00000621665 1669 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ALDOC-201ENST00000226253 1982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 KRT9-201ENST00000246662 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PKIG-202ENST00000372886 1180 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 CLNS1A-210ENST00000528364 953 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-1-203ENST00000518149 2583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RGS20-203ENST00000344277 1667 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
CCDC9Q9Y3X0 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.5 ms