Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 SPRED2-206ENST00000443619 1800 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB11-202ENST00000461821 2115 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ZMIZ1-201ENST00000334512 7546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SLC30A4-201ENST00000261867 7157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 HYAL3-205ENST00000450982 1402 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 DYM-201ENST00000269445 5049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 STRA8-201ENST00000275764 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 KRTAP5-6-201ENST00000382160 561 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ITM2C-204ENST00000409704 1106 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ATP5G2P1-201ENST00000433580 426 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 HOXB8-203ENST00000576562 743 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC005632.4-201ENST00000613759 431 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 FCHO1-201ENST00000252771 3118 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 PAX4-202ENST00000341640 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AP000347.1-209ENST00000437294 557 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC027682.6-202ENST00000621378 795 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SCAMP4-213ENST00000621748 1172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CCNC-219ENST00000627680 896 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC005906.2-206ENST00000638180 1029 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SSFA2-201ENST00000320370 4965 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 HIC2-201ENST00000407464 6798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 JAK3-201ENST00000458235 5432 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 PPP3CA-201ENST00000323055 4519 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CNOT6-207ENST00000618123 6250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 TSC2-207ENST00000439673 5287 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
HIF3AQ9Y2N7 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms