Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ALMS1P1-202ENST00000450720 1601 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 TATDN3-212ENST00000530441 492 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 ACOXL-205ENST00000439055 2373 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
SCN9AQ15858 LSP1-202ENST00000381775 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 EIF2B5-201ENST00000273783 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC009118.2-201ENST00000613275 655 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LINC02268-202ENST00000515444 1328 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TIMM13-201ENST00000215570 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GCGR-201ENST00000400723 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TMEM265-201ENST00000615541 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 C12orf10-201ENST00000267103 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 DEF8-225ENST00000569453 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GFY-202ENST00000610896 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FAM220BP-201ENST00000377689 816 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 RNASEK-203ENST00000549393 783 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL445433.2-201ENST00000425113 2544 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 FAM53B-AS1-202ENST00000448422 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TOP3BP1-201ENST00000420768 1380 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PIN1P1-201ENST00000412108 996 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AL080243.2-201ENST00000418783 582 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
SCN9AQ15858 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
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