Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 PRSS29P-201ENST00000440800 595 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 BX890604.1-208ENST00000490920 726 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MRVI1-AS1-203ENST00000529979 784 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RASL11A-201ENST00000241463 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CFLAR-208ENST00000423241 2128 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ZNF853-201ENST00000457543 3857 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TCEA1-201ENST00000396401 2718 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HPCAL1-206ENST00000613496 1547 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CRADD-201ENST00000332896 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 MAPKAPK3-208ENST00000621469 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SLCO6A1-202ENST00000389019 2340 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 LINC01554-202ENST00000436592 2052 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 BACE1-201ENST00000313005 6326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC092865.6-201ENST00000642101 219 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 CCNYL1-201ENST00000295414 3767 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CHMP3Q9Y3E7 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 NUP153-202ENST00000537253 6030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 UBXN1-210ENST00000529640 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CIPC-205ENST00000555437 566 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GNE-204ENST00000539208 2190 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CCT4-204ENST00000544079 2261 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MYL6-202ENST00000348108 722 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CHMP3Q9Y3E7 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.9 ms