Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 LSP1-217ENST00000612798 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 GLYCTK-207ENST00000477382 1304 ntTSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TSPAN7-202ENST00000378482 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 WRAP53-203ENST00000431639 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 WRAP53-204ENST00000457584 1828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HMGA1-205ENST00000447654 2159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HMBS-203ENST00000442944 1548 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 C11orf71-201ENST00000325636 652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 BX276092.7-202ENST00000422194 696 ntTSL 3 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 FAM177A1-207ENST00000554052 540 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CHRM2-201ENST00000320658 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SERPINF2-202ENST00000382061 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HARS-204ENST00000438307 1789 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TNNC2-202ENST00000372557 780 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CHRNA5-203ENST00000559554 1051 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF550-208ENST00000601415 515 ntTSL 4 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 IFFO1-204ENST00000396840 2677 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RAPH1-211ENST00000457812 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 RSPO4-201ENST00000217260 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SLC25A6P5-201ENST00000435663 894 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ELFN1-AS1-202ENST00000453348 637 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC109635.5-201ENST00000533593 962 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CDC42EP4-209ENST00000630622 240 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MIDN-206ENST00000591446 3243 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 TIA1-206ENST00000445587 1440 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 MCC-208ENST00000514701 2855 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 SSB-202ENST00000409333 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 STK11-201ENST00000326873 2611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.28■□□□□ 0.36
COL4A3Q01955 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.9 ms