Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A39-207ENST00000586016 1156 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RBL2-201ENST00000262133 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ENTPD8-202ENST00000371506 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ACD-202ENST00000393919 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ETV4-201ENST00000319349 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 XYLT2-203ENST00000507602 2107 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 KANK4-204ENST00000371153 4665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD2-205ENST00000372717 1207 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TMEM14B-212ENST00000475942 992 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CREB3L3-204ENST00000602147 1382 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 REPS1-203ENST00000409812 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CBSL-210ENST00000624934 1992 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PTH2R-204ENST00000617735 2472 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ZFAND2B-212ENST00000444522 1199 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 COMT-209ENST00000449653 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC106872.10-201ENST00000503778 747 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CDK18-217ENST00000506784 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC027307.2-201ENST00000591252 911 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 OSBPL9-222ENST00000531828 2210 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 RAD51D-201ENST00000335858 1353 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SEPT6-202ENST00000354228 1576 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 C14orf93-204ENST00000397377 1776 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TPM2-201ENST00000329305 1018 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AL139349.1-201ENST00000530479 577 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 IL25-201ENST00000329715 1315 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 WDR74-206ENST00000529106 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 HERPUD2-201ENST00000311350 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ZNF114-206ENST00000600687 1742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 ELOF1-208ENST00000591912 899 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC9Q9Y3X0 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.7 ms