Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 FBXO21-201ENST00000330622 2906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 OTUB1-202ENST00000422031 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 ARFRP1-212ENST00000618838 1623 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 BTBD3-201ENST00000254977 4686 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 DTNBP1-203ENST00000355917 1359 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 KCNMA1-201ENST00000286627 6194 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 LIMS2-208ENST00000410011 2335 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 AC005521.1-201ENST00000393351 872 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 AK4P3-201ENST00000418260 669 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 WDR45-218ENST00000473974 1077 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 RARRES2-205ENST00000482669 563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 NEO1-206ENST00000558964 4441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 FAM184B-201ENST00000265018 6622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 CTDSP2-201ENST00000398073 4795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC42Q96M95 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 P4HB-223ENST00000576390 439 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 C10orf142-202ENST00000623589 1010 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 AC074117.1-201ENST00000447070 3060 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 NPC1L1-203ENST00000423141 2554 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 COQ8A-202ENST00000366778 2743 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 FHL1-207ENST00000394155 2706 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 SART1-201ENST00000312397 3293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 KLK12-201ENST00000250351 882 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 KLK12-202ENST00000319590 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 FAM220CP-201ENST00000395253 831 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC42Q96M95 SCO2-202ENST00000395693 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.7 ms