Protein–RNA interactions for Protein: Q16799

RTN1, Reticulon-1, humanhuman

Predictions only

Length 776 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTN1Q16799 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 AL450267.1-201ENST00000557174 520 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 RGS11-203ENST00000359740 1371 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 EDA-204ENST00000374553 5272 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
RTN1Q16799 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ADIRF-AS1-201ENST00000418273 2627 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CLN6-202ENST00000538696 1343 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SH2D3C-213ENST00000629203 2478 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DDX1-207ENST00000617198 2257 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ZNF264-202ENST00000536056 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 MCMBP-201ENST00000360003 4169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 INHA-201ENST00000243786 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SLC39A1-211ENST00000621013 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 TMEM33-208ENST00000513702 1092 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DHRS4-205ENST00000558263 1089 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DHRS4L2-207ENST00000558753 556 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC018529.2-201ENST00000612024 828 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 GPAT3-202ENST00000395226 2631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CHEK1-202ENST00000427383 1670 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ADM5-201ENST00000420022 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 MADCAM1-204ENST00000587541 1723 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC124947.2-201ENST00000547118 1133 ntBASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 OSBPL1A-204ENST00000399443 3317 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SYNE3-202ENST00000553340 2615 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SMARCC2-202ENST00000347471 3839 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 LTBR-207ENST00000539925 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ABHD3-209ENST00000580981 1836 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ALDH3B1-208ENST00000617288 2078 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DPEP1-203ENST00000421184 1647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CLDN7-201ENST00000360325 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 CCDC74A-202ENST00000409856 1298 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 LINC01972-201ENST00000422271 553 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 PQLC2L-205ENST00000461040 563 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AC068389.2-201ENST00000529518 430 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 EEF1D-238ENST00000531621 840 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AL121820.2-201ENST00000556301 279 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 GALNT9-201ENST00000328957 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
RTN1Q16799 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.1 ms