Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SMARCAL1Q9NZC9 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SMARCAL1Q9NZC9 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 CHML-204ENST00000638121 920 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
SMARCAL1Q9NZC9 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32 ms