Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC31.16■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.58
CCDC87Q9NVE4 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC31.14■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC31.13■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.12■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC31.11■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC31.1■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC31.09■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.08■■■□□ 2.57
CCDC87Q9NVE4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.07■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.06■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.05■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.04■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC31.03■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.02■■■□□ 2.56
CCDC87Q9NVE4 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.01■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC31■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC31■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC30.99■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC30.98■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.97■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.96■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC30.95■■■□□ 2.55
CCDC87Q9NVE4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.95■■■□□ 2.54
CCDC87Q9NVE4 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC87Q9NVE4 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC87Q9NVE4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC87Q9NVE4 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.94■■■□□ 2.54
CCDC87Q9NVE4 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.93■■■□□ 2.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.8 ms