Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CCDC28BQ9BUN5 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CCDC28BQ9BUN5 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC28BQ9BUN5 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms