Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS39Q96JC1 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS39Q96JC1 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS39Q96JC1 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms