Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
HLA-CQ95604 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
HLA-CQ95604 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC25.55■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC25.52■■□□□ 1.68
HLA-CQ95604 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
HLA-CQ95604 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.5 ms