Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
PTPN9P43378 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
PTPN9P43378 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.19■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
PTPN9P43378 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
PTPN9P43378 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.5 ms